Σύμφωνα με την έκθεση, το σύστημα των Κεντρικών Φυλακών αντιμετωπίζει έντονο πρόβλημα υπερπληθυσμού, καθώς ο αριθμός των κρατουμένων αυξάνεται συνεχώς χωρίς αντίστοιχη αύξηση της χωρητικότητας. Παράλληλα, ποσοστό 15%-20% των αποφυλακισθέντων επανεισέρχεται στη φυλακή, επιβαρύνοντας περαιτέρω το σύστημα.
Μεταξύ άλλων, η Ελεγκτική Υπηρεσία επισημαίνει επίσης σοβαρές επιχειρησιακές ελλείψεις, όπως την απουσία ολοκληρωμένων πρωτοκόλλων για τη διαχείριση κρίσιμων περιστατικών, μεταξύ των οποίων αποδράσεις, βιαιοπραγίες ή εξεγέρσεις κρατουμένων.
Σημαντικά προβλήματα καταγράφονται και στη διαχείριση του προσωπικού. Από τον έλεγχο προέκυψε ότι μεγάλο ποσοστό δεσμοφυλάκων δεν καταγράφει σωστά την παρουσία του στα συστήματα ελέγχου, ενώ εντοπίστηκαν αποκλίσεις μεταξύ των καταλόγων βάρδιας, των χειρόγραφων αρχείων παρουσίας και των ηλεκτρονικών συστημάτων, γεγονός που δημιουργεί κινδύνους λανθασμένων πληρωμών για υπερωρίες και επιδόματα.
Ιδιαίτερα σοβαρά είναι τα ευρήματα σχετικά και με τις αναρρωτικές άδειες προσωπικού. Η έκθεση καταγράφει περιπτώσεις δεσμοφυλάκων που υπερέβησαν το ετήσιο όριο των 42 ημερών άδειας ασθενείας, ενώ σε δειγματοληπτικό έλεγχο εντοπίστηκαν μεγάλες ασυμφωνίες μεταξύ ιατρικών πιστοποιητικών και καταχωρίσεων στο σύστημα του ΓεΣΥ. Σε ορισμένες περιπτώσεις διαπιστώθηκε μεγάλος αριθμός πιστοποιητικών από συγκεκριμένους γιατρούς χωρίς αντίστοιχες καταχωρημένες επισκέψεις, γεγονός που δημιουργεί σοβαρές υπόνοιες σύμπραξης για εξαπάτηση του κράτους.
Καταλήγοντας, η Ελεγκτική Υπηρεσία αναφέρει ότι προτίθεται να παραπέμψει το ζήτημα στα αρμόδια όργανα για περαιτέρω διερεύνηση, ενώ τονίζει ότι τα προβλήματα που καταγράφονται δεν είναι μεμονωμένα αλλά συστημικά.
Για τον λόγο αυτό εισηγείται συνολική αναδιοργάνωση του Τμήματος Φυλακών, με ενίσχυση της λογοδοσίας, ψηφιοποίηση διαδικασιών και εκσυγχρονισμό των μηχανισμών ελέγχου.